Dans le premier épisode, Mason Kane et Nadia Sinh, les meilleurs agents de l'agence d'espionnage Citadel, se heurtent à une nouvelle organisation malfaisante, Manticore, ce qui crée un désastre. Huit ans plus tard, Mason Kane mène une vie paisible sous le nom de Kyle Conroy, sans aucun souvenir de son passé. Il doit aider un ancien collègue à empêcher Manticore de créer un nouvel ordre mondial.

Kyle et Bernard vont à New-York pour récupérer la Mallette X des mains de Manticore avant qu'il soit trop tard. Kyle découvre ensuite qu'une connaissance de sa vie passée est toujours en vie et il risque tout pour la retrouver.

Kyle et Nadia atterrissent dans une ancienne planque et des bribes de leur relation passée leur reviennent. Ils découvrent qu'un ancien allié qui pourrait leur permettre d'arrêter Manticore, est emprisonné au Maroc. Pour pouvoir le sauver, ils doivent passer par un chef de la pègre locale. Mais leur mission est de plus en plus compromise, à mesure que les secrets refont surface.

Après la révélation fracassante de l'ancienne identité d'Abby, nous découvrons la face cachée des relations qui unissent Mason, Nadia et Celeste, ainsi qu'une horrible décision qui résonne encore aujourd'hui. Kyle et Nadia débarquent au Maroc et risquent leurs vies pour libérer l'agent qui est leur allié. Mais leurs retrouvailles tournent court quand ils font face à une terrible accusation.

Nadia, Kyle et Carter sont obligés de travailler ensemble pour échapper à Manticore et protéger la Mallette X, mais les soupçons qui pèsent sur l'un de nos héros deviennent de plus en plus pesants, ce qui conduit à un affrontement explosif.

Alors que l'un des leurs est retenu en otage par Manticore, Kyle, Nadia et Carter risquent tout pour le sauver et contrecarrer les plans de Manticore visant à se procurer des armes nucléaires. Tandis qu'ils sont aux prises avec la menace nucléaire, l'identité de la taupe au sein de Citadel est révélée, ainsi que cette terrible vérité : tout ce qu'ils savent n'est qu'un mensonge.